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run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess clean.sorted.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这条代码跑不出来，报错原因如图所示，

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使用GSDS来可视化基因的顺势作用元件，发现有些元件显示不出来。只能修改那些元件颜色和形状，不能移动元件标识。用那个GSDS自带的edit功能，进去之后之前修改的元件形状又变成修改之前的样子，edit只能移动不会修改元件颜色和形状，也不会保存到本地。请老师给想个办法？

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老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且也能对上，但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一个基因，我试了WRKY和FAE1这两个家族，都会出现这种情况

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老师 就是我在做比较基因分析的时候生成的bed文件是空的 这是什么问题呀

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Te amo老师 就是 我在做共线性分析哪里，遇到下面这个问题，就是遇到生成的*.axt文件是空的，然后报错我截屏在下面啦，您帮我看一下嘛 谢谢，上面的那个问题我已经解决啦。

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老师 就是在做群体structure分析的时候，clean.vcf.gz文件是下面这中格式，代码需要怎么修改啊，您看一下谢谢，

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tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

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老师，我手动生成了domain_final.bed，但是出现了以下情况，检查了相关文件都能打开，我是做成和share文件里domain_final.bed一样的txt格式，然后在FZ上加后缀bed改为bed格式，请问哪里有问题

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荧光定量引物设计，是用CDS黏贴到NCBI，blast找到100%序列一致性的基因来设计引物还是，黏贴包含内含子的完整基因序列到NCBI设计引物？

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老师我的基因组都是Scaffold，没有染色体级别的基因组，这种适合做泛基因家族鉴定么。我是在BnPIR(http://cbi.hzau.edu.cn/cgi-bin/rape/download_ext)下载的

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老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去，不用再建文件夹下载了，然后一步步做Rstudio的操作么，我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器？

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老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

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