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泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

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老师，我的结构变异文件是5个梨品种，转录组数据中与sv相同的品系，只有3个，这个影响吗？

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老师您好，做染色体水平基因组组装与注释，没做核型分析，可以推测染色体条数吗

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老师您好，我在运行这段代码时没有任何反应，请问是出现了什么问题？Oryza文件里是水稻的参考基因组

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请问，gff文件打开后没有biotype,就不用运行保留蛋白编码基因那个命令了吗？

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老师，别人发的一篇泛基因组文章，应该是从头组装构建的，每个基因组对于参考基因组的SV，是不是用他们这个SV文件就可以合成图谱，就是一堆SV怎么搞成线性化，跟正常基因组一样的，作为一个参考基因组，这个是可行的吗，如何操作

  • Oho 2025-03-27 20:31
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保留蛋白编码基因运行就这样，不能回到docker ，怎么解决？

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老师您好，我测定的是土壤微生物的宏基因组，在进行物种注释时选择的kraken的标准库，但注释出来可比对的物种注释率较低，好几个样本都低于30%，这样合理吗？如果不合理，我该如何解决呢？

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用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，报错，咋整？

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使用lordec 利用二代数据校正三代数据

  • yy 2025-02-26 10:53
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全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

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关于填充gap后的polish

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宏基因组得到的物种相对丰度表进行kw差异分析或者Lefse分析时，对数据提前进行对数处理合理吗

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卸载重装后docker后为啥docker pull omicsclass/organelle-assembly:v1.0怎么下载不了这个镜像了

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新建物种特异hmm模型，再次搜索，产生的文件round2_hmmerOut.txt中的一个基因序列（下图所示），通过了三大数据库确认。但是序列很短，这个序列不要？

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老师这个示例文件夹里没有东西，我cd到01.prepare_data文件夹下里面时候空的

  • Oho 2025-03-09 11:43
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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，漏掉了一个序列，咋整？

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GWAS分析筛选关联区域

  • John 2025-03-11 18:46
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Arabidopsis_thaliana.TAIR10.56.gff3.gz 课程资料发我的gff文件里面没有parent信息，影响基因家族分析吗？