有些样本的缺失率太高了,检查样本的缺失率:
基本用法
bash
vcftools --vcf input.vcf --missing-indv --out sample_missing
这会生成 sample_missing.imiss,格式如下:
text
INDV N_DATA N_GENOTYPES_FILTERED N_MISS F_MISS sample1 100000 0 500 0.005 sample2 100000 0 2000 0.02
N_DATA:该样本总基因型数
N_MISS:缺失基因型数
F_MISS:缺失率(N_MISS / N_DATA)

