质控

你好,咨询一个问题,我用重测序数据call 的SNP, 质控后怎么样本数删除了好多事怎么回事
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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

有些样本的缺失率太高了,检查样本的缺失率:

基本用法

bash
vcftools --vcf input.vcf --missing-indv --out sample_missing

这会生成 sample_missing.imiss,格式如下:

text
INDV    N_DATA    N_GENOTYPES_FILTERED    N_MISS    F_MISS
sample1 100000    0                       500       0.005
sample2 100000    0                       2000      0.02
  • N_DATA:该样本总基因型数

  • N_MISS:缺失基因型数

  • F_MISS:缺失率(N_MISS / N_DATA)

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  • 随风 提出于 6天前

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