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这是我的文件名泛基因家族提取cds和pep的脚本应该怎么改呢

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老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，而拆分出的文件只有37个

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老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

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老师，您好，我正在泛基因家族分析，想问课程中用到的结构变异的vcf文件all_merge.vcf是泛基因组全基因组范围的变异吗，

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这怎么添加ID或者是不是我下的文件的问题，那种文件是有ID的

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基因家族分析中的顺势作用元件分析问题

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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

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这种情况怎么解决

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docker连接不上

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在基因家族分析中的顺势作用元件分析中有几个差不多的元件是不是一个元件

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老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

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老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

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老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下面表格包括了CHROM，POS，REF，ALT，TYPE，MAF,MIS，ANN，将这些数据整理成vcf吗？

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老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

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做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗

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基因家族分析

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gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-14 22:00
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泛基因家族，典型基因和非典型基因的热图怎么做？