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20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

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老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

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老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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是没有gene-family了嘛

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结构变异结果各个信息都代表什么，缺失和插入位点如何查看呢

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基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

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在共线性分析中发现结果太少

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KAKS作图问题

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进化树想修改一下分支

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老师，使用plantcare网站时，提交后老是显示the reference contains illegal characters, please revise (only alpha-numeric allowed)这句话，仔细看了看没发现符号错误啊

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10 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

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MCScanX这一步做完分析后发现了问题

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使用ensembl下载的人gff3文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令无法识别人的gff3文件（描述中为日志）

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老师能把你整个过程执行过的代码发一下吗，一直对着视频找有差别的地方，纠错很麻烦

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15 一个基因家族包含两个结构域，对应interpro数据库两个hmm模型文件，请问怎么同时鉴定包含以上两个结构域的家族成员？

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结构变异注释结果文件为空

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5 如何自己制作泛基因组的pangene.list呢

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手动筛选100kb以内的串联重复，两条染色体的起始位置有点重复

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基因家族系统发育树构建