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20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

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老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

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基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

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参考基因组这个docker怎么练到filezilla，为什么我没法安装openssh或者filezilla，我应该怎么做

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hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

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泛基因家族分析cds提取出现killed

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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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3 基因家族分析 kaks分析

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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36 泛基因家族分析之Fam_gene.list

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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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ka/ks分析，有的基因没有axt文件