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10 对gff文件进行处理，保留注释信息中能编码蛋白的基因。得到的结果文件‘.protein_coding.gff3’是空的，应该怎么办。所有品系都出现了这个问题。

3 解决

20 将基因组文件和gff文件批量链接到当前文件夹时，文件名出现问号，下一步对gff文件进行处理（保留蛋白编码基因）报错，应该怎么办

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15 数据准备 检查变量对应有问题

2 解决

10 成功启动镜像，进入容器，把课程资料下载到本地并解压缩，还是找不到课程资料

2 解决

10 成功启动镜像，进入容器，把课程资料下载到本地并解压缩，为什么找不到课程资料

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5 老师，做顺势原件分析出现这种情况是什么原因呢？求解

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36 泛基因家族分析之Fam_gene.list

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20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

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3 基因家族分析 kaks分析

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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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3 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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5 docker打不开镜像

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3 是否可以将同源聚类的结果命名成TPS1/2/3

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5 如何自己制作泛基因组的pangene.list呢

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3 关于泛基因组的pangene.list

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5 泛基因家族docker报错

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10 老师，下载镜像报错怎么办？

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15 一个基因家族包含两个结构域，对应interpro数据库两个hmm模型文件，请问怎么同时鉴定包含以上两个结构域的家族成员？