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泛基因家族分析

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老师，在泛基因家族分析结构变异的基因注释中，提取vcf文件有用信息列，$14是哪个

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基因家族生信

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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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运行hmmsearch返回结果为空，后来再试时报错

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗

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gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-14 22:00
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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

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这种情况怎么解决

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这怎么添加ID或者是不是我下的文件的问题，那种文件是有ID的

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这是我的文件名泛基因家族提取cds和pep的脚本应该怎么改呢

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5 docker打不开镜像

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绘制PAV热图时，一个品系缺失，26个品系只有25个品系被画出来

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结构变异注释步骤生成文件为空

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怎么利用hmmersearch批量提取不同基因组中的基因家族成员?