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是没有gene-family了嘛

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5 老师你好，我在用w.sh里面的第二次搜索结构域命令的时候出现报错（下图），请问如何解决

  • BIO 2024-05-17 16:55
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结构变异结果各个信息都代表什么，缺失和插入位点如何查看呢

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已知一个基因家族有多个亚家族，在做进化树时，如何在进化树中将各个亚族区分开？

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基因家族分析时，提取cds与pep序列报错显示 no sequence

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请问老师这里显示找不到pav文件怎么办，这个文件是有的

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docker 运行报错

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5 蛋白三级结构分析时，用PSI-blast和SWISS-MODEL自带的模板同时做了，发现SWISS-MODEL自带的模板做出来的相似度更高、GMQE和QMEAN值也更好，同时，两个方法也有重复的模板，想问问老师应该选择相似度更高的，还是选择两种方法都有的模板？

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KAKS作图问题

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在共线性分析中发现结果太少

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老师，绘制PAV图时，结果如图，还有报错信息

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只提取出来一个是为什么呀？是不是不对呀？

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我使用hmmsearch时弄出来的文件是空文件夹这是为什么嘛？ 我下载的是hmmer3.0 windonws版

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老师您好，做完蛋白序列多序列比对后，分析基因家族的保守位点，怎么判断那段保守位点指的哪个氨基酸活性位点呢，然后画出像文献中这样的图

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老师好，我想问下为啥用mega软件做出来的的进化树为什么左边的线条这么拥挤呀？第二张是我做的，第一张是视频老师教的

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老师，为什么我的cds和pep文件导不出来呀？导出来报错，并且文件内容无。最后一张照片时我退出重进后的历史命令

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10 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

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老师，基因组网站没有泛基因列表，自己怎么整理出来这个列表文件呢

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进化树想修改一下分支

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老师，您好，我做基因家族分析时绘制表达模式热图，因为我的GFF3文件是从ensemble上下载的，发现从NCBI上下载的转录组数据的基因ID与我的基因ID不一致，这时该怎么判断那个是同一个基因呢？