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老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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3 基因家族分析 kaks分析

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗

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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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blast比对得到的基因进行构树，无法与拟南芥基因进行聚类

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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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镜像进不去，输入代码就这样。

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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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36 泛基因家族分析之Fam_gene.list

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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ka/ks分析，有的基因没有axt文件

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3 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

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泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

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老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

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老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

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老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们