avereps相同ID取均值(limma包函数)

avereps按照ID取均值

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-14 15:35
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芯片灰度图

基因芯片灰度图是最原始的图像,每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-07 13:37
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分组柱状图添加误差线(位置)--ggplot2

分组柱状图的绘制可以基于ggplot2,具体可以参考: 分组柱状图--ggplot2 。 如何针对分组柱状图添加误差线并合理调整位置呢?主要基于geom_errorbar及其参数position进行细节调整。 譬如基于上...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-04 11:16
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R语言scale()标准化

R语言中scale函数,可以对数据进行处理,标准化(归一化)在一定的范围,比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-23 14:52
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安装R包的几种方法

常见的两种R包的安装方法

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  • microRNA
  • 发布于 2018-11-15 16:56
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对R包的操作(查询、版本、更新等)

R中对包进行操作的命令很多,涉及从包的安装、查询、更新、卸载等等。这里介绍几个常见的操作

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-24 16:01
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pheatmap返回的结果解释(获得新的排序信息)

pheatmap是一个热图绘制的R包,全称pretty heatmap。利用的绘图函数是pheatmap(),对应的数据则是一个数值矩阵,譬如基于如下的矩阵10X6: > mat              CK-WT-1      CK-WT-2     ...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-19 14:23
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ggplot2点图geom_point中点的shape有多少?

ggplot2可以利用geom_point绘制散点图,而点的形状控制参数shape会显示多少效果呢?(注意此处只介绍shape的设定,不是aes(shape)映射) 可以通过查询?shape 获得以下内容: # Shape exampl...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-09-30 16:59
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ggplot2图例位置legend.position调整

ggplot2绘图过程种,控制图例在图中的位置利用theme(legend.position)参数 该参数对应的设置如下: legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-09-13 18:19
  • 阅读 ( 35286 )

ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

利用ggplot2进行x、y坐标轴互换只需借助coord_flip()即可,譬如,以ggplot2绘图代码 http://www.omicsclass.com/article/92   为例,添加一个坐标互换函数,实现互换 library('ggplot2')libr...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-24 13:40
  • 阅读 ( 11458 )

R语言文件目录操作

R语言对目录和文件的基本操作方法

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-08-01 15:56
  • 阅读 ( 10516 )

ggplot2 绘图 离散型颜色选择 ColorBrewer

利用ggplot2绘图 scale_fill_brewer() 或者scale_color_brewer() 会使用到ColorBrewer 配色。可以利用相关的命令查看改配色方案。 library(ggplot2)RColorBrewer::display.brewer.all() 通...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 16:53
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统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

R统计不同差异组合,上下调基因个数;并用ggplot2绘制柱状图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-03 14:02
  • 阅读 ( 10254 )

readxl包读取excel的多个函数简介

readxl包括多个可以读取excel的函数,比之xlsx包更方便

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-15 16:09
  • 阅读 ( 6390 )

Split划分数据

在R中利用split,借助数据的分类类型,对数据进行分组

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-06 20:40
  • 阅读 ( 2313 )

R-常见的字符串处理方法

R语言中常见的基本字符串处理,涉及匹配、替换、分割、截取、大小写转换等等

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-05-31 14:28
  • 阅读 ( 2542 )

R批量读取文件

利用R 对文件夹下的文件批量读取

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-05-25 10:58
  • 阅读 ( 3251 )

R语言、ggplot2的简单绘图(1)

初探ggplot2

箱线图与分面--ggplot2

利用ggplot2绘制箱线图,并进行分面处理。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-05-16 12:57
  • 阅读 ( 7931 )

Bioconductor安装软件比较慢

解决Bioconductor安装软件比较慢的问题

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  • microRNA
  • 发布于 2018-05-16 10:47
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