看你用记事本编辑文件,可能遇到linux和windows编码不同导致错误(换行符不同),建议用专业的文本编辑器软件 notepad++; 并设置一下统一编码UTF-8格式:https://www.omicsclass.com/article/395 然后再根据课程中的示例数据,整理自己的数据再分析。
回答于 2019-11-11 10:20
需要自行进行注释匹配:https://www.omicsclass.com/course/26
回答于 2019-11-11 10:14
GFF文件里面的ID看看,和拟南芥蛋白质序列里面的ID是否一样, 怀疑你的ID里面的gene: 等没有删除;
回答于 2019-11-10 19:16
脚本认为ID=与;之间的为gene或mRNA的ID,建议你把GFF文件里面的gene: CDS: transcript: 删除; 然后再看看fasta里面的ID与GFF里面的ID是否一致。 这样保持所有地方的ID一致,就不会因为找不到对应的ID而出错。 如果上面按照我说的都改了,脚本这里27行就可以删除gene: 获取ID信息了:
回答于 2019-11-08 10:22
这是ggplot2里面内置的色板,如果颜色不够可以使用手动设置色板scale_colour_manual():https://ggplot2.tidyverse.org/reference/scale_manual.html 颜色的获取可以参考:https://www.omicsclass.com/article/746 学习R语言基础与绘图:、R语言画图、R语言快速入门与提高
回答于 2019-11-08 09:36
检查GFF文件里面的mRNA ID是否对应一致。 参考这个:https://www.omicsclass.com/question/1941
回答于 2019-11-07 10:04