omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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转录组问题

有基因组了为啥还要做无参转录组呢？如果，是后来出来的基因组，建议重新按照有参转录组分析一下。而不是用unigene比基因组；

回答于 2019-11-07 10:03

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可以用列的索引解决；建议学习一下R语言基础，这些问题不需要循环就可以解决； R语言画图、R语言快速入门与提高

回答于 2019-11-07 10:01

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可能你的fasta文件不是标准的格式，你看看Chr2序列折叠之后长度是否一致；

回答于 2019-11-06 17:46

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不同的人鉴定出来的基因数量可能会有些许差异，正常的。只要分析的步骤严禁的，一般都能发文章的；

回答于 2019-11-06 14:47

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建立索引这一步很消耗内存，几百G以上内存的节点运行一下试试；

回答于 2019-11-06 14:46

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如果输入的文件都没有错误的话，可能真的就是没有；

回答于 2019-11-06 14:44

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运行时间和电脑的配置与基因的数量有关。如果电脑性能差，基因数量大，运行会慢一些，耐心等待。 2018年买的5000元的笔记本电脑，40000 vs 40000基因比对，大概运行一天时间，你可以参考一下；

回答于 2019-11-04 17:09

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可以的根据自己的需要调整

回答于 2019-11-04 16:49

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二次搜索是可选分析，你确定你的家族需要二次搜索？第二次你的文件是不是编辑过，导致脚本读取基因上结构域的位置出现偏差？

回答于 2019-10-31 16:21

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NCBI蛋白数据库搜索种子基因的蛋白序列然后到自己物种的蛋白中比对搜索。一般都能找到种子序列的，你再找找看，或者你自己不会找所以没找到，或者再看看相关文献，我们课程里面有这部分详细教程：学习链接：基因家族分析实操课程、

回答于 2019-10-31 16:18