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关于课程中TCGA差异基因表达代码-问题
上下调关系：可以查看最后的结果，也就是基因表达量与fold_change的表格，哪一组当中基因整体表达量是否高于另一组当中的表达量，自然就知道上下调关系了； 这个代码不是很重要，自己check一下结果数据就知道了；
回答于 2019-11-19 16:46
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TCGA数据库下载数量不对
case是癌症病人编号，有时候一个癌症病人取样时同时取了多个组织（例如原发癌组织，转移癌组织，血液对照等），后期做实验一个case 多个组织都可能有实验数据，因此会存在文件数多于case数的情况，属于正常。
回答于 2019-11-19 15:06
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GWAS分析模型的选择
你是做遗传图还是GWAS？ GWAS一般用自然群体就行，不用人工群体； 如果用GWAS关联人工群体， 由于是人工群体遗传背景单一，理论上不需要考虑群体结构，可以采用简单的GLM线性模型关联；
回答于 2019-11-19 11:41
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