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运行echo "dup_gene_paired.fa dup_gene_paired.aln dup_gene_pa...
这个是快捷方式，你可以按照视频中的操作手动运行clustalw，这样可以设置其他不同的选项； 学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
回答于 2019-10-29 10:36
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宏病毒组得到的contig如何做系统发育分析，包括如何选取合适的序...
可以预测里面的基因，然后把基因截取出来，不同的样品按照基因的顺序链接成一个supergene，然后做多序列比对（clustalw），之后做进化树（MEGA）。 序列的批量截取合并，建议学习perl，或者python 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精...
回答于 2019-10-29 09:54
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如何用荧光定量数据绘制热图？
为了是热图每一行对比明细，使热图很好看，热图一般按行均一化数据。所以，legend会有负数。聚类热图绘制见：https://www.omicsclass.com/article/528 qpcr的计算方法见:https://www.omicsclass.com/article/446
回答于 2019-10-29 09:47
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具有两个结构域的基因家族的分析
建议不用合并分析，以NBS-ARC结构域为准，才是NBS基因，其他结构域只是附带的结构域，可有可无。但是对于基因分类有用。 自己的数据自己分析，关键是自己得有分析思路；
回答于 2019-10-25 12:42
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大麦基因家族分析时，进行基因结构分析时，hmmer提不到外显子gff...
注意GFF里面的ID，脚本去识别的时候是要完全一样才行，注意是=号和分号；之间的都是ID，例如：
回答于 2019-10-24 17:30
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有个问题想请教一下大家，从数据库中下载的原始数据的gff文件，...
大部分是通过一些软件根据基因的特点预测出来的；例如： 参考文献：https://www.nature.com/articles/s41559-017-0120
回答于 2019-10-24 10:28
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