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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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老师您好,我在做比较基因组学时遇到下面的问题是什么原因呢,我...

需要完全对应上才行,你再检查检查,或者截图我们看看ID; 还有就是bed里面列之间是否只有tab空白,如果有空格你删除一下;

回答于 2019-10-16 10:20

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有一个问题像请教一下大家,我用上课时老师给的脚本跑出来的tand...

这是软件mapchart绘图的原因,两个基因放在了一起。判断串联重复基因要用科学的方法才行:https://www.omicsclass.com/question/1

回答于 2019-10-15 12:04

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python版本mcscan出错

看看这个问题:https://www.omicsclass.com/question/1429/answer/1800 检查bed文件中的染色体ID与seqids文件中的ID是否一致

回答于 2019-10-15 11:51

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Linux安装anaconda后,加载镜像包,提示失败

linux基础不好,会遇到很多错误,建议学习了linux基础之后,对linux有一定了解之后再来尝试安装新的软件,不然会很费劲; linux系统使用  这门课建议学习一下。里面有conda的安装与操作演示:https://www.omicsclass.com/article/1159 以下命令为设置镜像之后再安装软件: conda config --add channels https://mirrors....

回答于 2019-10-15 11:06

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老师,您好,我有两组蛋白质,只有氨基酸序列(自己将其名命),...

可以提交到蛋白互作数据库STRING,做一下看看他们有没有互作关系;  https://string-db.org/

回答于 2019-10-15 10:59

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老师您好,我想请问一下,在做比较基因组学时,在这一步时,/bio...

模块名字写错了,你检查一下:jivi.compara.catalog

回答于 2019-10-15 10:55

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老师,你好,我下载的这个文件的链接为什么不是.sra格式的,现在...

SRA数据下载方法有很多,不知道你为啥下载后后缀名字是1,你可以试试把后缀名字改成sra试试转换行不行。转换方法:https://www.omicsclass.com/article/932 如果不行建议重新下载,下载方法可参考:https://www.omicsclass.com/article/964

回答于 2019-10-15 10:54

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差异基因数量太多,通过GO富集分析筛选一部分,再进行蛋白互作,...

基因的筛选方法很多,自己如果有筛选思路也是可行的; 如果做蛋白互作建议使用WGCNA方法筛选并做分析,可参考文献:https://www.omicsclass.com/article/954   https://www.omicsclass.com/article/946  等等

回答于 2019-10-14 15:36

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老师你好,请问从NCBI上下载的数据格式是.1,怎么转换格式

NCBI上下载的高通量测序数据应该是sra格式的,如果要转换成测序fastq文件,需要使用工具sratoolkit 这个软件,这个软件是linux系统软件,需要在linux系统中运行。 看你也是生信初学者,如果要分析高通量测序数据,需要有linux基础才行,下面有些课程你可以学习一下,并且最好是有服务器才可以分析,自己的笔记本分析不了;...

回答于 2019-10-14 15:25

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比较基因组学

可能是这个原因你看看的文件:https://www.omicsclass.com/article/572

回答于 2019-10-11 21:16