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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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在进行聚类分析时,如何将自己的tsv文件生成qs文件

qs文件应该是 seurat 对象,不能由你提供的表格文件生成; qs文件包括每个细胞的基因表达数据,及细胞信息(你的tsv文件) 不知道你的qs文件如何生成的,你把命令发我看一下;关于报错 批次分组名称需要和你qs对应的metadata文件里面的列名一致,我看你tsv文件里面没有stim列名分组:

回答于 13小时前

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泛基因家族结构变异

下面是解释 类别常见取值含义与影响外显子区 (编码)nonsynonymous SNV非同义突变:单个碱基改变导致氨基酸改变(错义突变)。synonymous SNV同义突变:碱基改变但氨基酸未改变。stopgain获得终止密码子:突变导致提前出现终止信号,产生截短蛋白。stoploss失去终止密码子:终止密码子突变,蛋白翻译会延长。frameshi...

回答于 2026-06-01 16:57

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重测序

正常的,耐心等待,数据越多越慢;

回答于 2026-05-25 09:34

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对gff文件进行处理,保留注释信息中能编码蛋白的基因。得到的结...

你要核对的是 : GFF文件格式没问题,以及核对第一列染色体ID和基因组文件染色体ID是否一致;如果核对没有问题,你把当前文件夹文件清空之后再重新运行命令,AGAT检测到有输出文件存在会退出;

回答于 2026-05-01 06:13

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将基因组文件和gff文件批量链接到当前文件夹时,文件名出现问号...

出现乱码用专业的文本编辑工具,不要用记事本编辑id.txt :https://www.omicsclass.com/article/395

回答于 2026-04-28 14:50

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spaceranger分析,代码:nohup sh 00.spaceranger.sh >00.spacer...

你先运行 linux命令:free -h 看看计算机资源1.如果是在我们组学大讲堂云服务器运行,你说说你云服务器配置 2.如果是自己电脑运行,看看配置的  磁盘是存储。 内存指的是运行内存,一般都是内存不够,你降到--localcores 1 试试, spaceranger推荐内存128G:https://www.10xgenomics.com/support/software/space-...

回答于 2026-04-27 17:46

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成功启动镜像,进入容器,把课程资料下载到本地并解压缩,还是找...

云服务器上的数据和你本地电脑数据没关系; 你需要把本地电脑数据上传到云服务器才行;服务器上传数据,看看登录时显示的使用手册链接有详细说明;

回答于 2026-04-02 11:35

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老师,做顺势原件分析出现这种情况是什么原因?求解答

输入文件之间基因ID不统一,你检查检查

回答于 2026-03-31 07:44

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基因家族大概四十个基因,GO富集分析只有CC组数据正常吗?阈值调...

基因集数量 太少,富集结果不理想正常的;

回答于 2026-03-23 11:32

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conda

你可以下载文件之后 再上传到服务器;

回答于 2026-03-22 22:14