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ROGUE 判断分群纯度
你检查你 SampleID 列 和 seurat_clusters 列是不是有的分组数量太少，比如你的SampleID 列在第4列：设置 $4 awk -F'\t' 'NR>1 {print $4}' benihoppe_flower_sct.metadata.tsv | sort | uniq -c
回答于 2026-06-29 10:01
单细胞ROGUE 判断分群纯度
查看你benihoppe_flower_sct.qs 对应的benihoppe_flower_sct.metadata.tsv 文件有没有 “Sample”列信息
回答于 2026-06-25 16:31
新上新的单细胞转录组课程可以用于华大测序平台分析
华大DNB C4 单细胞转录组也有类似 cellranger的工具： dnbc4tools ，用法差不多，结果文件也类似的，新版课程里面也有介绍： 下面的dnbc4tools运行命令：这里有华大拟南芥的例子：https://www.omicsclass.com/article/2755 dnbc4tools rna run \--name 1D1 \ --cDNAfastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_1...
回答于 2026-06-14 08:59
单细胞细胞周期相关基因文件准备中遇到的问题
1. 把作物的所有基因与拟南芥比对，借此寻找细胞周期相关基因，是否合理？ 结论：这是非常合理且常规的做法，但建议在此基础上增加一些过滤和验证步骤。 合理性： 拟南芥（Arabidopsis thaliana）是植物界功能注释最完善、研究最深入的模式生物。对于缺乏深度研究基础的非模式作物，利用拟南芥作为参考数据库（Reference...
回答于 2026-06-13 11:46
在进行聚类分析时，如何将自己的tsv文件生成qs文件
qs文件应该是 seurat 对象，不能由你提供的表格文件生成； qs文件包括每个细胞的基因表达数据，及细胞信息（你的tsv文件） 不知道你的qs文件如何生成的，你把命令发我看一下；关于报错 批次分组名称需要和你qs对应的metadata文件里面的列名一致，我看你tsv文件里面没有stim列名分组：
回答于 2026-06-09 18:36
泛基因家族结构变异
下面是解释 类别常见取值含义与影响外显子区 (编码)nonsynonymous SNV非同义突变：单个碱基改变导致氨基酸改变（错义突变）。synonymous SNV同义突变：碱基改变但氨基酸未改变。stopgain获得终止密码子：突变导致提前出现终止信号，产生截短蛋白。stoploss失去终止密码子：终止密码子突变，蛋白翻译会延长。frameshi...
回答于 2026-06-01 16:57
对gff文件进行处理，保留注释信息中能编码蛋白的基因。得到的结...
你要核对的是 ： GFF文件格式没问题，以及核对第一列染色体ID和基因组文件染色体ID是否一致；如果核对没有问题，你把当前文件夹文件清空之后再重新运行命令，AGAT检测到有输出文件存在会退出；
回答于 2026-05-01 06:13
将基因组文件和gff文件批量链接到当前文件夹时，文件名出现问号...
出现乱码用专业的文本编辑工具，不要用记事本编辑id.txt ：https://www.omicsclass.com/article/395
回答于 2026-04-28 14:50