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回答于 1天前
docker 加载镜像默认放在家目录下,你的家目录满了吧; df -h #查看存储
回答于 1天前
下面是手动修改列名的R代码,你自己可以运行修改一下: # 加载必要的包library(Seurat)library(dplyr)## 1. 创建示例Seurat对象(如果已有数据可跳过此步)# 使用Seurat内置数据集seurat_obj <- readRDS("subsetCD8.reanalysis.rds")# 查看原始metadata列名cat("原始metadata列名:\n")print(colnames(seurat_obj@meta.d...
回答于 2天前
内置的 基因集数据库用的R包是这个:msigdbr 说明:https://igordot.github.io/msigdbr/articles/msigdbr-intro.html 常见基因集: gs_catgs_subcatnum_genesetsC1299C2CGP3384C2CP29C2CP:BIOCARTA292C2CP:KEGG186C2CP:PID196C2CP:REACTOME1615C2CP:WIKIPATHWAYS664C3MIR:MIRDB2377C3MIR:MIR_Legacy221C3TFT:GTRD518C3T...
回答于 3天前
还是用之前的脚本合并:示例脚本在: 03.seurat_cluster.sh #合并数据Rscript $scripts/merge_seurat_obj.r -i CD4.added.celltype.rds CD8.added.celltype.rds -p all.sample.merged
回答于 3天前