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空间转录组样本在一张芯片上
你的是华大的空间转录组数据吗？可以先一起分析，最后再分开分析， 需要分开显示可以利用华大的steromap，可视化软件 圈选出 一张芯片上不同区域坐标，识别坐标中的不同样本的 barcode信息，然后添加样本分组信息到metadata中，方便后续拆分样本显示； 最新的saw ( 8.3.0) 已经更新了不连续的组织 自动拆分：--split-ti...
回答于 2026-08-29 07:51
绘制marker基因表达热图的时候总是报错
你的细胞类型名字里面有特殊字符 / 需要把每个细胞名字用双引号引起来试试的； Rscript $scripts/averageHeatmap.r \ -i benihoppe_flower.added.celltype.qs \ --group.by celltype \ --group.order "g0-Early-organ-primordium" \ "g1-Sepal-protoderm" "g2-Perianth-primordium" \ "g3-Inflorescence-stem-primo...
回答于 2026-08-19 22:18
cell_trajectory_monocle3.r脚本使用报错
--gene2pathway ../ref/kegg.gene2pathway1.tsv \ --gene2go ../ref/go.go_anno_result1.tsv你的上面这两个文件，看看文件格式是不是和课程里面的相同，并检查第一列信息的基因ID和你的单细胞里面的feature ID是不是一致： $ head Gene_longest_trans_cds.fasta.GO.gsea.txt GID GO DESC CLASS A1CF GO:0000166 nucl...
回答于 2026-07-28 14:59
ROGUE 判断分群纯度
你检查你 SampleID 列 和 seurat_clusters 列是不是有的分组数量太少，比如你的SampleID 列在第4列：设置 $4 awk -F'\t' 'NR>1 {print $4}' benihoppe_flower_sct.metadata.tsv | sort | uniq -c
回答于 2026-06-29 10:01
单细胞ROGUE 判断分群纯度
查看你benihoppe_flower_sct.qs 对应的benihoppe_flower_sct.metadata.tsv 文件有没有 “Sample”列信息
回答于 2026-06-25 16:31
新上新的单细胞转录组课程可以用于华大测序平台分析
华大DNB C4 单细胞转录组也有类似 cellranger的工具： dnbc4tools ，用法差不多，结果文件也类似的，新版课程里面也有介绍： 下面的dnbc4tools运行命令：这里有华大拟南芥的例子：https://www.omicsclass.com/article/2755 dnbc4tools rna run \--name 1D1 \ --cDNAfastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_1...
回答于 2026-06-14 08:59
单细胞细胞周期相关基因文件准备中遇到的问题
1. 把作物的所有基因与拟南芥比对，借此寻找细胞周期相关基因，是否合理？ 结论：这是非常合理且常规的做法，但建议在此基础上增加一些过滤和验证步骤。 合理性： 拟南芥（Arabidopsis thaliana）是植物界功能注释最完善、研究最深入的模式生物。对于缺乏深度研究基础的非模式作物，利用拟南芥作为参考数据库（Reference...
回答于 2026-06-13 11:46
在进行聚类分析时，如何将自己的tsv文件生成qs文件
qs文件应该是 seurat 对象，不能由你提供的表格文件生成； qs文件包括每个细胞的基因表达数据，及细胞信息（你的tsv文件） 不知道你的qs文件如何生成的，你把命令发我看一下；关于报错 批次分组名称需要和你qs对应的metadata文件里面的列名一致，我看你tsv文件里面没有stim列名分组：
回答于 2026-06-09 18:36
泛基因家族结构变异
下面是解释 类别常见取值含义与影响外显子区 (编码)nonsynonymous SNV非同义突变：单个碱基改变导致氨基酸改变（错义突变）。synonymous SNV同义突变：碱基改变但氨基酸未改变。stopgain获得终止密码子：突变导致提前出现终止信号，产生截短蛋白。stoploss失去终止密码子：终止密码子突变，蛋白翻译会延长。frameshi...
回答于 2026-06-01 16:57