4178 个回答
老师 我在做群体遗传分析哪里，生成的fasttree.nwk文件时空的，...
你的数据有多少SNP位点？，服务器内存多少？怀疑是电脑内存不够了，导致程序异常退出；
回答于 2026-10-12 09:46
空间转录组seurat聚类
你这个是华大的空间转录组数据吗？ 底片是黑白的吗，黑白的颜色只有两列，彩色的是三列，可能是导致报错原因。 解决办法是在读入华大数据的时候 修复一下，我这边有脚本更新；
回答于 2026-10-09 10:58
空间转录组样本在一张芯片上
你的是华大的空间转录组数据吗？可以先一起分析，最后再分开分析， 需要分开显示可以利用华大的steromap，可视化软件 圈选出 一张芯片上不同区域坐标，识别坐标中的不同样本的 barcode信息，然后添加样本分组信息到metadata中，方便后续拆分样本显示； 最新的saw ( 8.3.0) 已经更新了不连续的组织 自动拆分：--split-ti...
回答于 2026-08-29 07:51
绘制marker基因表达热图的时候总是报错
你的细胞类型名字里面有特殊字符 / 需要把每个细胞名字用双引号引起来试试的； Rscript $scripts/averageHeatmap.r \ -i benihoppe_flower.added.celltype.qs \ --group.by celltype \ --group.order "g0-Early-organ-primordium" \ "g1-Sepal-protoderm" "g2-Perianth-primordium" \ "g3-Inflorescence-stem-primo...
回答于 2026-08-19 22:18
cell_trajectory_monocle3.r脚本使用报错
--gene2pathway ../ref/kegg.gene2pathway1.tsv \ --gene2go ../ref/go.go_anno_result1.tsv你的上面这两个文件，看看文件格式是不是和课程里面的相同，并检查第一列信息的基因ID和你的单细胞里面的feature ID是不是一致： $ head Gene_longest_trans_cds.fasta.GO.gsea.txt GID GO DESC CLASS A1CF GO:0000166 nucl...
回答于 2026-07-28 14:59
ROGUE 判断分群纯度
你检查你 SampleID 列 和 seurat_clusters 列是不是有的分组数量太少，比如你的SampleID 列在第4列：设置 $4 awk -F'\t' 'NR>1 {print $4}' benihoppe_flower_sct.metadata.tsv | sort | uniq -c
回答于 2026-06-29 10:01
单细胞ROGUE 判断分群纯度
查看你benihoppe_flower_sct.qs 对应的benihoppe_flower_sct.metadata.tsv 文件有没有 “Sample”列信息
回答于 2026-06-25 16:31