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老师，请问我在做基因组间共线性分析，我的gff 文件，和cds 文件...
1.你看下你的CDS序列ID在不在GFF里面，检查一下；如果不在说明两个文件有问题。 2.你的GFF文件第三列只有mRNA信息，缺失GENE信息建议添加一下：https://www.omicsclass.com/article/816 如果检查完毕，就可以继续往下分析了；
回答于 2019-11-11 16:47
GEOquery包的getGEO函数无法下载 无法与服务器建立连接
通常只有的网络错误，都很诡异，毕竟长城在这里。 解决方式也简单，加上代码： options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可！ 再次运行后如下： > options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' )> ###获取数据> gset = getGEO(GSE, GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=TRUE,destdir=workdir)...
回答于 2019-11-11 16:42
关于TCGA的下载，学了课程还是遇到点问题，求老师指点
数据下载，可根据TCGA网站的筛选条件添加GDCquery()参数，详情见： https://www.omicsclass.com/article/1060
回答于 2019-11-11 16:00
老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛...
可以查看hmmsearch的帮助，自定义设置搜索参数：官方说明 http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf
回答于 2019-11-11 15:57
老师，请问我在甘蓝型油菜A09 染色体定位出一个区段200kb ，如何...
可以用MCScanX做比较基因组分析，看看其他地方是否有同源区域，具体操作过程可看基因家族实操课程：学习链接：基因家族分析实操课程、
回答于 2019-11-11 13:55
请问老师，gff 文件中有id 信息，但是cds 文件中只有转录本信息...
查看自己的GFF格式是否标准,主要看第二列，和最后一列； 第二列得有gene，mRNA信息，最后一列的ID要与CDS里面的转录本ID一致。就能适用课程中的脚本： https://www.omicsclass.com/article/816
回答于 2019-11-11 13:53
如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家...
只要是ID列表就行，都可以使用的，程序主要读取文件第一列ID数据 除非是要截取结构域所在的位置，domain序列需要后续的位置信息。
回答于 2019-11-11 10:22
老师您好，请问一下在做WGCNA的时候，形状数据文件具体是哪种的...
是性状或者表型数据吧， 这个是样品的一些调查数据，如果你的样品没有表型数据就不能做关联数据
回答于 2019-11-11 10:21