TCGA数据中primary site数据下载报错

想要下载结肠癌的数据,原发位点为colon,按照老师的代码,报错,求老师指导
本想在老师帖子下边回复,可是评论不能分段,挤在一起太乱了。
以下是按老师代码简单改了改

resp = cases() %>% filter(~ project.project_id=='TCGA-COAD' &primary_site =='colon') %>% GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type')) %>% response_all()
resp %>% count()
[1] 454           ####我的网页数据是449,为什么这里是454?
case_name <- resp$results$submitter_id
download_name = substr(samplesDown,1,12)
####报错!Error in substr(samplesDown, 1, 12) : object 'samplesDown' not found
sample_download <- samplesDown[download_name %in% case_name]
######报错!Error: object 'samplesDown' not found

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看看samplesDown最早出现在代码哪里?是不是没有运行这行代码,生成这个变量;

R语言基础差,建议学习:R语言快速入门与提高R语言画图

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jing

https://www.omicsclass.com/article/672  老师的教程中没有samplesDown这行代码

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  • jing 提出于 2019-11-19 14:28

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