omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so rev...

建立索引这一步很消耗内存，几百G以上内存的节点运行一下试试；

回答于 2019-11-06 14:46

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如果输入的文件都没有错误的话，可能真的就是没有；

回答于 2019-11-06 14:44

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运行时间和电脑的配置与基因的数量有关。如果电脑性能差，基因数量大，运行会慢一些，耐心等待。 2018年买的5000元的笔记本电脑，40000 vs 40000基因比对，大概运行一天时间，你可以参考一下；

回答于 2019-11-04 17:09

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可以的根据自己的需要调整

回答于 2019-11-04 16:49

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二次搜索是可选分析，你确定你的家族需要二次搜索？第二次你的文件是不是编辑过，导致脚本读取基因上结构域的位置出现偏差？

回答于 2019-10-31 16:21

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NCBI蛋白数据库搜索种子基因的蛋白序列然后到自己物种的蛋白中比对搜索。一般都能找到种子序列的，你再找找看，或者你自己不会找所以没找到，或者再看看相关文献，我们课程里面有这部分详细教程：学习链接：基因家族分析实操课程、

回答于 2019-10-31 16:18

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你看到的name可能是别人重新命名了，你可以看看文章里面有没有附录，可能有对应的基因组上的ID，就行我们课上讲解的白菜WRKY那两个文章的：基因家族分析实操课程、

回答于 2019-10-31 14:29

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基因表达量的值一般符合负二项分布的。

回答于 2019-10-31 10:12

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p=0.05/n(n为标记数） p=0.01/n(n为标记数）都是可以的，这就是Bonferroni校正。做GWAS分析现在用重测序技术也就是利用SNP标记进行关联分析，重测序数据SNP的标记至少都是百万级的。所以通过矫正之后p值就很小了；

回答于 2019-10-31 10:11

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一个projet下面可以有很多biosample，是可以上传到一个bioproject下面的，一篇文章有可能既做了二代测序又做了三代测序；三代数据也是上传到SRA数据库，对上传不了解可观看视频课程学习：NCBI数据上传、二代fastq测序数据解读、

回答于 2019-10-31 09:55