TCGA数据库下载数量不对

问题一:按课上老师教的筛选方法,网页上cases和file数量为何不一致(456和521),老师课上是一致的。

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问题二:按老师的代码,样本总量不等于肿瘤+正常总和,为什么呢?

query <- GDCquery(project = "TCGA-COAD",data.category = "Transcriptome Profiling",data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - Counts",legacy = FALSE)

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

case是癌症病人编号,有时候一个癌症病人取样时同时取了多个组织(例如原发癌组织,转移癌组织,血液对照等),后期做实验一个case 多个组织都可能有实验数据,因此会存在文件数多于case数的情况,属于正常。

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jing

还有第二个问题:老师课上讲的代码样本文件总数等于肿瘤+正常总和,我的为什么不是呢?如图,我下载文件数521,正常41,肿瘤478.

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  • jing 提出于 2019-11-19 14:43