3 关于WGCNA拓扑聚类热图的求助

attachments-2019-11-mzdxLpQn5dd2bdb40831f.jpg按照代码跑出来的热图,结果是周围颜色很深,中间很浅,感觉怪怪的样子,不是太懂,能帮忙解释以下原因吗

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

颜色是不是取反了,你检查一下; 

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imdj28

dissTOM = 1-TOMsimilarityFromExpr(datExpr, power = sft$powerEstimate)

plotTOM = dissTOM^7

diag(plotTOM) = NA

TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors, main = "Network heatmap plot, all genes")

nSelect = 400

set.seed(10);

select = sample(nGenes, size = nSelect);

selectTOM = dissTOM[select, select];

selectTree = hclust(as.dist(selectTOM), method = "average")

selectColors = moduleColors[select]

plotDiss = selectTOM^7;

diag(plotDiss) = NA;

TOMplot(plotDiss, selectTree, selectColors, main = "Network heatmap plot, selected genes")

这是代码文件

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