可以用MCScanX做比较基因组分析,看看其他地方是否有同源区域,具体操作过程可看基因家族实操课程:学习链接:基因家族分析实操课程、
回答于 2019-11-11 13:55
查看自己的GFF格式是否标准,主要看第二列,和最后一列; 第二列得有gene,mRNA信息,最后一列的ID要与CDS里面的转录本ID一致。就能适用课程中的脚本: https://www.omicsclass.com/article/816
回答于 2019-11-11 13:53
只要是ID列表就行,都可以使用的,程序主要读取文件第一列ID数据 除非是要截取结构域所在的位置,domain序列需要后续的位置信息。
回答于 2019-11-11 10:22
是性状或者表型数据吧, 这个是样品的一些调查数据,如果你的样品没有表型数据就不能做关联数据
回答于 2019-11-11 10:21
看你用记事本编辑文件,可能遇到linux和windows编码不同导致错误(换行符不同),建议用专业的文本编辑器软件 notepad++; 并设置一下统一编码UTF-8格式:https://www.omicsclass.com/article/395 然后再根据课程中的示例数据,整理自己的数据再分析。
回答于 2019-11-11 10:20
需要自行进行注释匹配:https://www.omicsclass.com/course/26
回答于 2019-11-11 10:14