我不是和你说你检查一下，是不是参考基因组的所有基因都是没鉴定到直系同源，你和我反馈是鉴定到了的，那就是你第三步PAV分析的时候有问题，建议逐步检查一下生成的结果文件，看能否发现有什么问题
36 泛基因家族分析之Fam_gene.list
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老师，我的泛基因组列表final.last.gene.pair.txt（当时发您参考基因组名字Yugu1_T2T.genome有误），但在家族成员存在缺失分析时，awk 'FNR>1{print $1"\t"$2"_"$3}' final.last.gene.pair.txt > foxtail_millet.pan-genes.list 整理格式时，已经均进行了调整（名字纠正），但经过perl /work/scripts/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes.list -spid new_id2.txt -unigenel foxtail_millet.GRASgene.uniq.list -fam GRAS ， 生成的PAV_gene.list 还是996个成员，Yugu1_T2T.genome每个基因单独一个编号，生成的Fam_gene.list也是，后面无法做结构变异与基因结构和保守结构域分析，麻烦老师帮忙看看哪里还有问题？谢谢！
