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ggplot2图片保存

R语言中可以将图片结果保存成pdf或者png，具体涉及两种方法： pdf()和png() 以ggplot2绘图结果： http://www.omicsclass.com/article/92   的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =1...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-23 11:42
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ggplot2隐藏图例

这里简单介绍两个隐藏图例的方法 其一利用引导元素guides实现： 譬如借用www.omicsclass.com/article/92 分组柱状图代码： library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E"...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-23 11:30
  • 阅读 ( 19442 )

ggplot2几个主题类型

演示ggplot2几个默认的主题类型，直接套用对应的函数即可 数据参考 http://www.omicsclass.com/article/92 dat   type  Sample Num1     A sample1  902     B sample1  343     C sample1  ...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-17 16:33
  • 阅读 ( 4096 )

饼图pie-ggplot2

绘制饼图的过程中，利用ggplot2的geom_bar结合coord_polar实现，需要理解的点是饼图的排布是按照aes(fill）的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat  type Num1    A  902    B  343    C  56...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-17 14:28
  • 阅读 ( 8556 )

R语言-相关性矩阵分析

R语言-相关性计算

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  • 安生水
  • 发布于 2018-08-17 13:56
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R 语言colors()657种颜色

R进行绘图多会涉及颜色搭配问题，利用colors()可以获得R种的657种颜色名称。 head(colors(),20) [1] "white"         "aliceblue"     "antiquewhite"  "antiquewhite1" [5] "antiquewhite2" "...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-10 14:29
  • 阅读 ( 13284 )

MA plot 绘图计算公式

MA图主要应用在基因组数据可视化方面，实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-10 13:20
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ggplot2主题theme参数

ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x,  axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x,  axis....

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-08 17:50
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rmvnorm函数生成随机矩阵

借助rmvnorm()生成一个多维正态随机矩阵 安装mvtnorm包 > install.packages("mvtnorm")> library(mvtnorm) 生成随机矩阵x=rmvnorm(n,mean=rep(0,nrow(sigma)),sigma=diag(length(mean)…)...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-25 11:42
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eclipse当中R插件StatET安装

StatET是一个eclipse R语言高亮显示插件，可以高亮显示R语言代码。安装之前请在电脑中提前安装好R编译环境。 支持在Eclipse平台上（通过将代码发送到R）运行R代码 支持语法高亮显示 支持使用R代码模板 支持创建R的文档文件(*.Rd) 可以从Eclipse运行R命令

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-18 16:19
  • 阅读 ( 5415 )

删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）

在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-16 18:05
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创建有序因子

利用factor() 或者ordered() 两个函数将普通变量转换成有序因子。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 17:29
  • 阅读 ( 1754 )

GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载，不过，有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错，可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-06 16:00
  • 阅读 ( 8411 )

R语言绘制维恩图空值NA处理

行数不同的数据读入R，批量去除NA，绘制韦恩图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-05 16:16
  • 阅读 ( 7503 )

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-04 12:02
  • 阅读 ( 8526 )

R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

统计相同ID出现的频率，并用ggplot绘制柱状图；

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:46
  • 阅读 ( 8452 )

R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

R语言，按数值范围统计频次，绘制柱状图

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:33
  • 阅读 ( 8198 )

R处理大数据时内存out of memory的问题

R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题，相关解决方法： 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况（MB） 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memo...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-29 13:16
  • 阅读 ( 3106 )

R 删除重复数据

R 删除重复数据的方法，包括duplicated 和unique 针对duplicated, 对向量的元素或数据框的行进行操作的时候，返回逻辑值，以下面的数据框为例：  dat   A B C D1  a b a c2  c k b d3  c k c c4...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-27 22:00
  • 阅读 ( 3740 )

Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用

系统聚类Hierarchical clustering（层次聚类、谱系聚类）— 最短距离法（single linkage)— 最长距离法 （complete linkage)— 中间距离法 （median method)— 可变距离法 （flexible median)— 重心...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-22 12:11
  • 阅读 ( 5493 )