芯片差异分析分组矩阵

芯片数据差异分析分组信息构建分组矩阵

利用limma 包进行芯片数据差异分析,需要按照分组信息构建分组矩阵,基于model.matrix函数完成,获得的分组矩阵结构类似下方显示结果:

> design
           A B
GSM1626001 1 0
GSM1626002 1 0
GSM1626003 1 0
GSM1626010 0 1
GSM1626011 0 1
GSM1626012 0 1
attr(,"assign")
[11 1
attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$`description`
[1"contr.treatment"

其0 1表示有无,可以理解为A组存在GSM1626001 GSM1626002 GSM1626003 三个样品,B组理解依然,整个矩阵描述了将要比较的两组样品情况,之后利用makeContrasts构建差异对比矩阵 以便继续进行后续分析

> cont.matrix = makeContrasts(B-A, levels=design)
> cont.matrix
      Contrasts
Levels B - A
     A    -1
     B     1

表示开始进行B相对于A组的差异表达分析



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  • 发表于 2018-12-21 16:43
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  • 分类:R

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Daitoue
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