基因家族复制基因查找之手动查找-blast

基因家族复制基因查找之手动查找-blast

什么样的基因组需要用手动方法:

基因家族扩张方法,有染色体加倍,大片段复制,串联重复,反转录转座等等;参考:

https://www.omicsclass.com/article/730

https://www.omicsclass.com/question/1


查找大片段复制,串联重复反转录转座可以用mcscanXMCScanX-transposed 分析;

但是这种通过共线性的方法查找需要基因组组装到染色体水平,没有组装到染色体水平的基因组无法用上述方法,那就只能用blast手动方法查找,但是只能分析出串联重复基因,无法判断大片段复制或者转座基因。


blast查找方法:


可以用blast方法。在我们课程当中是根据基因之间的同源比对来分析的;

串联重复基因判断条件:

1,两个基因相似度大于75%

2,比对长度大于75%(相对于较长的基因)

3,基因在同一条染色体且距离小于100kb

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参考文献如下:

https://link.springer.com/article/10.1007/s00425-016-2575-6

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blast手动查找方法与通过共线性方法查找的结果会有差别,这个需要自行取舍。




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