老师好,请问怎么找一个家族基因隐马尔科夫模型的pfam索取号

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3 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

想获得一个基因家族的pfam索引号,首先你得有点线索才行:

1.InterPro数据库直接搜索

知道基因家族的功能描述,可通过pfam提供的关键字搜索得到相应的pfam号:https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/text/


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2. 文章搜索

比如,知道基因家族基因的缩写,如,NBS,MYB,AP2,WRKY等等,  就可以搜索一下相关的基因家族文章来从文章中获得:


如谷歌学术搜索,关键词:genome wide  gene family  + 基因家族缩写,筛选一下最新,套路文章很多,这里看一下第一个下载下来:


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点击第一个结果,找到文章方法部分就可以找到PF号了,然后可以到pfam数据库搜索下载hmm文件:http://pfam.xfam.org/

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其他方法:

如果知道研究的基因家族为转录因子基因家族,可以到 plantTFDB数据库查询:https://www.omicsclass.com/article/358

或者知道基因家族的功能描述等,可到NCBI上查询:https://www.omicsclass.com/article/76


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星哥

老师,只找到一篇文章,文章里面没有PF号,怎么办呀?我的基因家族是NRT(nitrate transporter)家族,也不是转录因子基因家族

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小猪

https://www.omicsclass.com/article/76

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