蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

蛋白序列亚细胞定位

蛋白在原生质体中合成,而新合成的蛋白必须要运输到细胞的特定位置才会发挥其作用。蛋白的亚细胞定位注释信息可以为科研工作者们对蛋白的功能分析,蛋白互作等提供参考与支持。研究未知蛋白生物学功能的第一步通常便是获得其亚细胞定位信息,亚细胞定位在细胞分子生物学,蛋白质组学,系统生物学,药物开发,药物化学等领域研究中具有十分重要的作用。

蛋白分布在细胞中的各个位置,其中蛋白丰度高,种类丰富的研究比较深入。定位注释结果准确的区域有细胞核原生质体线粒体内质网等,植物还有叶绿体液泡。而对于定位在细胞膜,分泌蛋白或者定位在多个区域的蛋白来说,其亚细胞定位预测信息一般准确性较低。

蛋白亚细胞定位主要有两种方法,第一种是结果准确但费时费力的实验验证方法,如荧光蛋白标记与Western/SDS-PAGE等;第二种方法是通过生物信息学手段,借助计算机对蛋白的亚细胞定位信息进行预测,这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息,而我们今天介绍的是便是第二种方法。目前常用的亚细胞定位分析软件主要采用三种分析策略:N端排序或信号分子序列分析;氨基酸序列组成分析;结合多种策略(N端信号序列,氨基酸序列组成,功能域,相似度,GO分类)的分析。


常用分析软件

今天向大家推荐六款亚细胞定位注释的常用分析软件,并以WoLF PSORT为例介绍其网页操作步骤。

六种常用亚细胞定位注释分析网站:

Ilcohttp://www.jci-bioinfo.cn 

Cell-PLoc: http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc/ 

CELLO http://cello.life.nctu.edu.tw/ 

WoLF PSORThttps://www.genscript.com/wolf-psort.html 

SherLoc2http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/SherLoc2 

Predotarhttp://urgi.versailles.inra.fr/predotar/predotar.html 


WoLF PSORT蛋白亚细胞定位教程如下:
1. 输入WoLF PSORT的网址:

https://wolfpsort.hgc.jp/ 见下图:


attachments-2021-04-zaTaKC1l606c235e4fdfb.png

2. 选择蛋白序列的种类:动物、植物或真菌;然后输入蛋白序列或文件(注:序列或文件大小不能超200Kb,如果序列很多,可分批进行)。检索结果见下图:


attachments-2021-04-dsjWE9Rh606c23ec3bd3d.png 以上结果中该如何解读呢?我们只需看“details”后面紧接着的那个亚细胞就可以了,如第一条蛋白test,应该是定位在nucl(细胞核)上。具体的亚细胞缩写参照下图。
attachments-2021-04-Kuf5Vp9U606c240c505b9.png


参考文献:

Xiong, E., Zheng, C., Wu, X., & Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10.

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