蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT
蛋白在原生质体中合成，而新合成的蛋白必须要运输到细胞的特定位置才会发挥其作用。蛋白的亚细胞定位注释信息可以为科研工作者们对蛋白的功能分析，蛋白互作等提供参考与支持。研究未知蛋白生物学功能的第一步通常便是获得其亚细胞定位信息，亚细胞定位在细胞分子生物学，蛋白质组学，系统生物学，药物开发，药物化学等领域研究中具有十分重要的作用。
蛋白分布在细胞中的各个位置，其中蛋白丰度高，种类丰富的研究比较深入。定位注释结果准确的区域有细胞核，原生质体，线粒体，内质网等，植物还有叶绿体和液泡。而对于定位在细胞膜，分泌蛋白或者定位在多个区域的蛋白来说，其亚细胞定位预测信息一般准确性较低。
蛋白亚细胞定位主要有两种方法，第一种是结果准确但费时费力的实验验证方法，如荧光蛋白标记与Western/SDS-PAGE等；第二种方法是通过生物信息学手段，借助计算机对蛋白的亚细胞定位信息进行预测，这种方法可以在短时间获得大量蛋白的预测信息，而我们今天介绍的是便是第二种方法。目前常用的亚细胞定位分析软件主要采用三种分析策略：N端排序或信号分子序列分析；氨基酸序列组成分析；结合多种策略（N端信号序列，氨基酸序列组成，功能域，相似度，GO分类）的分析。
常用分析软件
今天向大家推荐六款亚细胞定位注释的常用分析软件，并以WoLF PSORT为例介绍其网页操作步骤。
六种常用亚细胞定位注释分析网站：
Ilco：http://www.jci-bioinfo.cn
Cell-PLoc： http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc/
CELLO ：http://cello.life.nctu.edu.tw/
WoLF PSORT：https://www.genscript.com/wolf-psort.html
SherLoc2：http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/SherLoc2
Predotar：http://urgi.versailles.inra.fr/predotar/predotar.html
WoLF PSORT蛋白亚细胞定位教程如下：
1. 输入WoLF PSORT的网址：
https://wolfpsort.hgc.jp/ 见下图：
2. 选择蛋白序列的种类：动物、植物或真菌；然后输入蛋白序列或文件（注：序列或文件大小不能超200Kb，如果序列很多，可分批进行）。检索结果见下图：
以上结果中该如何解读呢？我们只需看“details”后面紧接着的那个亚细胞就可以了，如第一条蛋白test，应该是定位在nucl（细胞核）上。具体的亚细胞缩写参照下图。
extracellular, including cell wall
endoplasmic reticulum
cytoplasmic
nuclear
plasma membrane
mitochondrial
vesicles of secretory system
vacuolar
参考文献：
Xiong, E., Zheng, C., Wu, X., & Wang, W. (2015). Protein Subcellular Location: The Gap Between Prediction and Experimentation. Plant Molecular Biology Reporter, 34(1), 1-10.
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- 发表于 2021-04-06 17:05
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- 分类：基因家族分析
