卸载重新安装吧,这里有视频教程你看一下:https://www.omicsclass.com/article/526
回答于 2019-10-20 20:26
根据你研究的基因家族的功能,设计使用QPCR看看表达模式。如果你的基因家族与发育相关,可以取研究物种的不同组织,不同时间点取样做表达定量,绘制表达柱状图,这种不需要设置对照。 例如这篇文章:https://www.omicsclass.com/article/281
回答于 2019-10-18 15:26
GFF的第一列为染色体ID(对于组装到染色体的物种),或者基因组DNA序列ID(没有组装到染色体),cds是基因ID,两种ID不一样。 Mt Pt应该是,物种的线粒体,和叶绿体序列,其他的不太清楚,你查看一下基因组说明;
回答于 2019-10-18 13:48
看你的ID应该都是一致的。 可能是因为用python版本的mcscan程序的bug,建议你把所有的.1删除试一下;
回答于 2019-10-18 13:43
建议卸载重新安装R和Rstudio。 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精通
回答于 2019-10-18 10:34
修改进化树名字可以参考:https://www.omicsclass.com/article/675 ID少的话手动在nwk文件里面修改就行,用notepad++或者editplus打开nwk文件就可以;
回答于 2019-10-18 09:56
建议使用evolview编辑美化进化树,里面有批量修改颜色:https://www.omicsclass.com/article/671
回答于 2019-10-17 20:52
看到有编码错误,建议不要在代码中出现中文,处理中文很麻烦; 另外统一一下编辑器的编码格式为utf-8; Rstudio主要是用来编写和运行R语言代码的,python代码编写运行建议用pycharm。 生物信息少走弯路建议学习: 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数...
回答于 2019-10-17 13:31