用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

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我在ncbi上 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=tobacco

下载了普通烟草的genome的fasta文件和gff注释文件，把gff转为gtf后，提取剪接位点位置信息和外显子位置信息，之后用如下命令：

hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME}

结果如图所示：

最后系统自动kill掉了建索引的进程，请问这该怎么解决？谢谢！

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-11-06 14:46

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

建立索引这一步很消耗内存，几百G以上内存的节点运行一下试试；