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老师，你好，我下载的这个文件的链接为什么不是.sra格式的，现在...
SRA数据下载方法有很多，不知道你为啥下载后后缀名字是1，你可以试试把后缀名字改成sra试试转换行不行。转换方法：https://www.omicsclass.com/article/932 如果不行建议重新下载，下载方法可参考：https://www.omicsclass.com/article/964
回答于 2019-10-15 10:54
差异基因数量太多，通过GO富集分析筛选一部分，再进行蛋白互作，...
基因的筛选方法很多，自己如果有筛选思路也是可行的； 如果做蛋白互作建议使用WGCNA方法筛选并做分析，可参考文献：https://www.omicsclass.com/article/954 https://www.omicsclass.com/article/946 等等
回答于 2019-10-14 15:36
老师你好，请问从NCBI上下载的数据格式是.1，怎么转换格式
NCBI上下载的高通量测序数据应该是sra格式的，如果要转换成测序fastq文件，需要使用工具sratoolkit 这个软件，这个软件是linux系统软件，需要在linux系统中运行。 看你也是生信初学者，如果要分析高通量测序数据，需要有linux基础才行，下面有些课程你可以学习一下，并且最好是有服务器才可以分析，自己的笔记本分析不了；...
回答于 2019-10-14 15:25
无参转录组使用kobas进行KEGG分析的时候，应该选择什么物种？
kobas 有现成的物种可以选择当然最好，但是，如果没有现成的物种应该分析不了，你需要重新注释自己物种里面的所有基因，对应到KEGG里面的通路，才可以分析；
回答于 2019-10-11 15:32
get_gene_exon_from_gff.pl 这个脚本提取不出CDS信息，无法绘制...
看脚本还有文件都没有问题，应该是文件格式问题，在linux系统中的换行符是\n 而在windows中的换行符为\r\n 有时候不小心编辑过GFF文件，编程windows中的换行符，所以导致程序无法正确找到基因的ID，因此出错。 解决办法：使用editplus或者notepad++把对应的\r 搜索删除掉，记得勾上正则表达式： 为避免以后再出现...
回答于 2019-10-09 11:07
circos不能正常生成配置文件
输入的GFF文件里面的空格你搜索删除一下，可能是不必要的空格导致程序出错： 或者试试新脚本： 脚本下载：colline_v3.pl 使用方法： #准备circos绘图数据文件，脚本从gff里面获得位置信息并整理数据perl ../script/colline_v3.pl -gff ../MCScanX/AT.gff -list WRKY.collinear.pairs -colline AT.collinearity -od data...
回答于 2019-10-09 10:06
老师您好，我想利用gff文件和fa文件提取cds序列，请问应考虑哪些...
fasta序列处理截取反向互补，建议用bioperl： 一般基因组都会提供基因的CDS序列，很少自己去截取。 代码参考如下：parse_gff 和 get_bed_cds 这个两个方法，你看看吧； 建议学习perl高级里面有讲解bioperl：perl入门到精通、perl语言高级 #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;...
回答于 2019-10-08 21:10
请问GO富集文件gene2go和go2gene之间怎么转换？
你的文件具体是怎么样的，如果只有几行，自己手动转换就好了； 如果较多需要批量转换建议自己编写程序解决，例如：perl python等等都可以； 相关课程推荐： perl入门到精通、perl语言高级 python语言入门到精通
回答于 2019-10-08 20:58