8 MCSCANX分析和串联重复分析

老师,您好,上次那个问题我后来想了下可能没有说清楚,是这样子的:

课程里的筛选串联重基因的步骤和脚本是筛选到的同源基因吧?例如在200Kb以内是串联重复,不在就是片段重复,这种理解对么?

我是用circos作图,其中的text.txt文件我是用的筛选串联重复基因出来的文件,genome.blocklink.txt我用的是McscanX分析出来的文件,这样可以么?

(因为我用McscanX分析后,再用get_tandem_gene.pl脚本筛选串联重复基因并未筛选到,所以我想用筛选串联重复章节的文件绘制基因家族内的串联重复和片段重复)

这种绘图正确么?


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最佳答案 2019-12-02 14:52

筛选串联重复基因有两种方法:

1.通过共线性的方法,mcscanX,没有条件判断,mcscanX直接给出串联重复基因结果等等信息。

2.通过blast方法判断,需要自己手动去筛选,详情参看串联重复基因定义:https://www.omicsclass.com/question/1575

两种方法任选其一进行分析;

circos作图,用的是mcscanX的结果:


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  • 余生 提出于 2019-11-30 09:06

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