allhic进行染色体挂载，分组过程k=20，只分了一个组出了

## 划分contig成group #(HindIII: AAGCTT; MboI: GATC)
k=20 #设置染色体数目

ALLHiC_partition -b sample.clean.bam -r draft.asm.fasta -e MboI -k $k
sample.clean.clusters.txt只分了一个group出来

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分类：基因组学

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1 个回答

Ti Amo 1天前

contig比较长的时候容易出现这个问题，1.放到juice box里面，根据信号自己划分chr；2.ALLHiC有个打碎重组的流程，打碎重新做之后会导致gap变多。

allhic进行染色体挂载，分组过程k=20，只分了一个组出了

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