RNA-SEQ分析中,基因ID位于Chr01-Chr09的基因的reads数目全部是0

attachments-2025-06-4rVV6HJJ683e685c68e4b.png在做转录组分析的时候,用htseq软件统计每个基因的reads数目,发现基因ID位于Chr01-Chr09的基因的reads数目全部是0。基因ID位于Chr11-Chr12的reads数目是正常的,很奇怪。难道是基因ID位于Chr01-Chr09的基因都没有reads比对上?如下图,最左边一列是基因ID。

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1 个回答

rzx

正确的测序应该是有比对结果的。先根据流程看上一步生成的结果有没有问题,运行脚本时看有没有报错日志。看看map结果中每个样本的比对率(*summary文件)是否正常,正常结果中有90%以上的reads会比对到基因上

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  • 郭老师 提出于 2025-06-03 11:13

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