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老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

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老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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3 基因家族分析 kaks分析

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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

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ka/ks分析，有的基因没有axt文件

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，而拆分出的文件只有37个

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3 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

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老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

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老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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运行hmmsearch返回结果为空，后来再试时报错

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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗