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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗

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泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

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这个脚本如果直接从ensamble下载cds和pep还需要去提取吗，是不是可以直接转换格式

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗

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gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-14 22:00
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基因家族分析中的顺势作用元件分析问题

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在基因家族分析中的顺势作用元件分析中有几个差不多的元件是不是一个元件

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3 gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-10 16:59
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基因家族分析

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hmmsearch 关于参数--cut_tc设置

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这种情况怎么解决

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这怎么添加ID或者是不是我下的文件的问题，那种文件是有ID的

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这是我的文件名泛基因家族提取cds和pep的脚本应该怎么改呢

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参考基因组这个docker怎么练到filezilla，为什么我没法安装openssh或者filezilla，我应该怎么做

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泛基因家族分析cds提取出现killed