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PAV基因列表中的基因1和基因2出现重复

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老师这是什么意思，为什么会这样，我要怎么办

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为什么在做进化树分析的时候，有的文章使用19条蛋白序列而有的文章是20条（同一个物种，同样的蛋白）？

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泛基因家族绘制热图报错

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绘制PAV热图时，一个品系缺失，26个品系只有25个品系被画出来

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老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

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5 docker打不开镜像

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绘制ka/ks没有ARF1

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构建进化树报错

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蛋白序列多序列比对问题

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blast比对得到的基因进行构树，无法与拟南芥基因进行聚类

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老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

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在做系统发育树时遇到了问题

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老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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怎么利用hmmersearch批量提取不同基因组中的基因家族成员?

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老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

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镜像进不去，输入代码就这样。

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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗