红橙子
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植原体是细菌还是病毒?

植原体是一类类似细菌、但没有细胞壁的原核生物。该微生物是一类无细胞壁的原核微生物,具有容易受外力作用而破碎的单位膜,能够通过筛板间的胞间连丝而移动,大小为50-1100 nm。因其无细胞壁,在细胞内易受到外力作用的影响而呈现出各种不同的形态,一般有球形、长杆形、椭圆形、带状形、梭形、多态不规则形状。植原体主...

回答于 2019-03-01 14:11

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重测序一般测多少深度合适?

看待这个问题需放在特定条件下来说,假如检测几个样本间的结构差异及亲本开发snp,建议30乘以上,假如是自然群体,做gwas一般5乘以上,做遗传进化最好10乘以上,具体项目具体分析,仅供参考!

回答于 2019-03-01 14:07

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微生物多样性中相对丰富怎么计算的?

相对丰富一般有六个水平数据,如门纲目科属种,以门为例,某样品中注释到该门的tags比上该样品中所有能修饰到的tags数,即是该门微生物的相对丰富!

回答于 2019-03-01 13:59

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多样性otu聚类是把每个样品的tags聚类吗?

做多样性分析时一般都是把所有样品tags合并一起,然后聚类注释

回答于 2019-03-01 13:53

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转录组学习中遇见的问题

你下载的数据是原始数据,所以你还得过滤然后比对参考基因组(有参),计算基因表达量,没有生信基础,估计个人做不了,还是建议做实时定量!

回答于 2019-02-23 20:15

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有参转录组中,新基因是怎么回事?为什么会有新基因?

简单地说,是因为之前参考基因组注释不完全造成的,可以简单的理解为,参考考基因组某区域之前注释不是基因区,但是在本转录组实验中发现有很多reads比对到该区域,说明此区域有转录组本转录,所以此区域被重新注释为基因区,其对应的基因即为新基因。

回答于 2019-01-23 23:10

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研究菌植物互作转录组取样,需注意什么?

尽量选取病灶部位进行取样,取样前确认取样的部分没有污染。可通过qPCR,显微镜观察或者生理生化表型等方法确定侵入种的占比,选择合适的侵染时期进行研究。

回答于 2019-01-17 11:02

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转录组血液样品如何取样?

首先要区分全血、血浆还是血清,全血样品要用抗凝采血管采集(不推荐肝素抗凝管,可用EDTA、柠檬酸钠抗凝剂的抗凝管),采血后轻轻倒转采血管混合4~5次,使抗凝剂与血液混匀。将采集好的全血快速转移至单独的冻存管或离心管,按照每250ul/管分装,加750ul(即三倍体积)的Trizol LS(家禽、鱼类等红细胞有核物种,按照 1:8 或...

回答于 2019-01-17 11:00

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植物转录组取样时如何操作?

首先要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻,视取样大小冷冻时长,待彻底冷冻后,视取样大小冷冻时长转移至-80℃冰箱保存。

回答于 2019-01-17 10:57

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为什么高通量测序很多reads会比对不到参考基因组上?为什么?

1. 所测物种与参考基因组物种差异较大; 2. 测序数据质量较低 3. 检查下是否存在其他物种数据污染 4. 参考基因组组装质量较差

回答于 2019-01-17 10:54