红橙子
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插入片段长度是否能反映测序质量?

插入片段在跑胶选择出来时,其长度存在不可避免的误差,会有波动,甚至有时波动还不小,但它不能反映测序质量(这里排除meta-pair的情况)。因为测序质量并不直接受插入片段长度所影响,而是受试剂、测序芯片、光学相机、机器运行情况、实验室环境(地震、曝晒)等更加复杂的系统和外部因素所决定的。

回答于 2020-03-04 16:20

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高通量测序中经常说的插入片段是指什么?

解答该问题需要从高通量测序文库的构建说起:步骤一般如下: 利用超声或者酶切技术把从细胞中提取出来的DNA/RNA 进行打断,然后末端修复,RNA 需要反转成cDNA;电场跑胶,专业术语是凝胶电泳——DNA分子在电场里“游泳”,由于不同长度的DNA分子片段所带电量(负电荷)不同,在电场作用下,短的就跑得快长的就慢,一段时间之后不...

回答于 2020-03-04 16:18

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老师好,我下载了你们提供TBtools安装包,安装好后打开总是出现...

可以打开,不过人家设计这个软件的人更新了版本,如果联网的话就不能用了。所以你不想更新的话,就先断网,然后再打开。

回答于 2019-12-03 23:11

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转录组中count值为什么要经过标准化,计算FPKM值来表示表达量?

基因长度长或者测序数据量多的基因所得到的count值会越大,但这并不能反映该基因的表达高,而RPKM法能消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响,计算得到的基因表达量可直接用于比较不同样品间的基因表达差异和不同基因间表达高低的比较。

回答于 2019-10-22 19:08

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转录组数据里的count值是指什么?

count数是指比对到的reads数,基因表达定量是靠count数来计算的,count值经过标准化计算FPKM值。

回答于 2019-10-22 19:01

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请问学习过有参转录组学的报告与解读,现在又做了无参分析,有必...

您好,有参转录组结果解读课程和无参转录组结果解读课程很大一部分内容是相似的,如差异分析,注释富集,蛋白互作都是一样的,主要差别在于无参转录组本组装部分,主要是区分好unigene、 cds、orf等概念就没啥问题了。

回答于 2019-09-20 11:05

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我做有参转录组数据分析,一共有30个样,每个样有3个重复。在做...

比对率低一般是由于污染、样品测序质量、样品与参考基因组亲缘关系等原因, 你这个样品应该是有问题的,最好先找出问题,然后再考虑是否剔除。

回答于 2019-09-20 10:59

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基因家族基因组内共线性分析时,鉴定到5对大片段复制基因,为啥...

应该是有2对基因位置较近,红线两条红线重合了!

回答于 2019-09-02 21:04

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老师,如何知道一个基因有没有前人研究过

我觉得问题应该是如何知道在您所研究的物种中有没有人研究过这个基因,既然您知道这个基因,应该是见过其他人报道过该基因,多数是这种情况,当然您也可能扩出了一条未知序列,明确了其具有功能,这就列害了,第一种情况下,您可以在NCBI上检索下看是否有人提交过您所研究物种的该基因序列或论文是否有报道,假如没有,应该...

回答于 2019-09-02 20:59

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组内某个生物学重复样品与其它相关性不太好怎么办?对文章发表有...

样品间的相关性反应了样品间的相似情况,即不同样品在表达水平的相似度。相关系数越接近1,样品间的相似度越高,样品间的差异基因越少。生物学重复内样品的相关系数大于生物学重复外样品的相关系数。 转录组测序通常要求设置3个生物学重复样本,如果出现某个样品与组内其它样本相关性不好的情况,可将该样本剔除,再进行差...

回答于 2019-08-29 23:26