红橙子
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转录组学习中遇见的问题

你下载的数据是原始数据,所以你还得过滤然后比对参考基因组(有参),计算基因表达量,没有生信基础,估计个人做不了,还是建议做实时定量!

回答于 2019-02-23 20:15

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有参转录组中,新基因是怎么回事?为什么会有新基因?

简单地说,是因为之前参考基因组注释不完全造成的,可以简单的理解为,参考考基因组某区域之前注释不是基因区,但是在本转录组实验中发现有很多reads比对到该区域,说明此区域有转录组本转录,所以此区域被重新注释为基因区,其对应的基因即为新基因。

回答于 2019-01-23 23:10

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研究菌植物互作转录组取样,需注意什么?

尽量选取病灶部位进行取样,取样前确认取样的部分没有污染。可通过qPCR,显微镜观察或者生理生化表型等方法确定侵入种的占比,选择合适的侵染时期进行研究。

回答于 2019-01-17 11:02

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转录组血液样品如何取样?

首先要区分全血、血浆还是血清,全血样品要用抗凝采血管采集(不推荐肝素抗凝管,可用EDTA、柠檬酸钠抗凝剂的抗凝管),采血后轻轻倒转采血管混合4~5次,使抗凝剂与血液混匀。将采集好的全血快速转移至单独的冻存管或离心管,按照每250ul/管分装,加750ul(即三倍体积)的Trizol LS(家禽、鱼类等红细胞有核物种,按照 1:8 或...

回答于 2019-01-17 11:00

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植物转录组取样时如何操作?

首先要准备好液氮预冷的无酶管,并做好取样器械的消毒和去RNA酶处理,尽量选取新鲜幼嫩、生长旺盛部位的样本进行迅速采集,然后用RNase-free水对样品表面进行快速的清洗,吸干表面液体之后放入无酶管中液氮速冻,视取样大小冷冻时长,待彻底冷冻后,视取样大小冷冻时长转移至-80℃冰箱保存。

回答于 2019-01-17 10:57

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为什么高通量测序很多reads会比对不到参考基因组上?为什么?

1. 所测物种与参考基因组物种差异较大; 2. 测序数据质量较低 3. 检查下是否存在其他物种数据污染 4. 参考基因组组装质量较差

回答于 2019-01-17 10:54

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二代测序数据可否用于基因家族分析

不知你说的二代是指重测序还是转录组?基因家族分析大部分分析都是按参考基因组序列进行的,只有家族内基因表达模式变化分析是结合转录组表达量信息来做的,重测序数据无法使用。

回答于 2019-01-17 09:27

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老师你好,我想问下,在做基因家族分析时,我的无参转录本里的un...

公司做的无参转录组中多是由对应的unigene的蛋白质序列的,位置参见cds_predict文件夹下,后缀是.pep文件,假如你对转录组结果不是很理解,读不懂结果文件,可以参考我们的《转录组(无参)结果解读》教程,能很好地协助你读懂转录组结果文件。

回答于 2019-01-14 17:34

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无参转录组结果中,组装的转录组本有预测的蛋白序列吗?在什么位...

无参转录组中都有预测转录组的蛋白质序列,在组学生物的无参转录组结果文件中,预测的蛋白质序列文件位于4.cds_predict文件夹下的 unigene.pep.fa文件中。

回答于 2019-01-10 18:46

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链特异性文库转录组有什么优点?

相对于普通转录组测序而言,链特异性转录组测序还具有以下优势:1. 准确性高:因为在建库和测序过程中保留了RNA的方向,因而测序结果可以获得过多有效信息。在进行基因表达量计算和基因结构分析时,能区分正义链和反义链来源的基因,因而更准确;2. 丰富度高:保留RNA的方向信息,可以获得更丰富的转录本信息:可以用有效鉴...

回答于 2019-01-08 23:23