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测定植物内生真菌时需要注意什么？测多少数据量合适？
测植物内生真菌时，由于扩增时用的是通用引物，所以会将植物的its取也同时扩增出来，所以需要多测些数据量，分析时过滤掉植物ITS后仍有足够数据量分析真菌，建议10万tags以上。
回答于 2018-09-06 22:19
样品相关性不好怎么办？
一般生物学重复间样品相关性会很好，假如重复间相关性不好那说明材料本身或培养环境有较大差异，假如样品较少，一般生物学重复皮尔逊相关系数在0.85以上，应该是没太大问题的，当然这里也需要考虑组间差异，假如组间差异本身就很小，那需要生物学重复间相关性要更好才有意义，这得具体情况具体分析，你问的较为笼统，不好具...
回答于 2018-09-06 22:06
根际微生物多样性，根部取样怎么取比较科学？
根外围土壤取样可参考文章水稻根微生物多样性PNAS文章.pdf中的取样方式，科学严谨，文中取样大致是，不可抖下但可以用蒸馏水冲下，取作根际土；蒸馏水未冲下，但用超声波可以超下来，作为根围土，根外分以上两个层次。
回答于 2018-08-28 21:34
二代测序转录组建库时是先打断还是先扩增？
转录组建库流程是：总RNA提取 ---> polyA富集mRNA ---> 打断 ---> 随机引物反转录成cDNA ---> 末端修复、加A、加接头（该过程是PCR过程）--->稀释-cBot 成簇 ---> 测序；所以是先打断再反转扩增。
回答于 2018-08-16 18:48
生物学重复设置是一株取三样？还是三单株每个取一个样？
生物学重复是指经过相同处理的相同样品，这些样品应属于该样品群体中的不同个体，建议生物学重复3个及以上；不建议将3个样品的RNA等量混合后测序，这样就相当于将3个样本的基因表达量取了平均值，此法相当于取了一个样本，不能反应群体生物学现象。
回答于 2018-08-16 18:44
不同版本的基因组中基因ID会有变化吗？一样吗？
同一物种的不同版本的基因组内基因ID是会发生变化的，由于不同版本的基因注释的完善程度不一样，基因数某些基因位置都可能会发生变化，所以像转录组长链小rna等要用新版本重新分析时，所得到的基因ID也会发生变化，再分析时一定要注意！
回答于 2018-08-08 23:39
原核微生物多样性扩增16sDNA还是16sRNA?
原核生物基因组有别于真核，没有内含子间区等，所以16sdna与表达出的16srna序列是一样的，区别在于一是基因组序列，一是表达出的序列，所以叫16srna,也没啥影响，但提取自然是DNA，扩增的也是DNA。
回答于 2018-08-08 23:24
我的转录组数据与参考基因组比对后发现基因间区及内含子比例较高...
一般造成内含子及间区比例高有以下2个方面原因：1.基因组注释较差，大部分是这个原因，尤其非模式物种，刚测序物种等，2.有DNA污染，可结合RNA检测结果识别，一般较少出现。
回答于 2018-08-06 10:06
有参转录组结果中有基因CDS序列信息吗？
在北京组学生物科技有限公司的有参转录组结果文件中是有基因cds序列信息的，位置在Gene_Func_Anno下面的NewGene文件夹中的All.longest_transcript.fa文件里，少量的话自己可以去提取。
回答于 2018-07-16 11:00