红橙子
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134 个回答

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请教一下,可否用一个物种基因家族的保守结构域序列和另一个物种...

一个结构域,一个全长肯定不行,两个序列要保持一致!

回答于 2019-03-21 16:19

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我只关注黄酮代谢相关的基因,能否只提取这部分基因来做差异分析...

不能。差异分析是基于整体来做的,需要用全部read count进行差异分析,若使用部分基因做分析,会破坏数据整体的特点,如测序深度、reads分布特征等,所以不推荐抽取部分来做差异分析,只能整体做完差异分析后再提取这部分基因查看表达模式。

回答于 2019-03-21 10:55

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某基因在两个样本中表达量差别很大,分析结果却是非显著差异基因...

差异基因的筛选是基于统计学意义的,不能仅仅通过一个基因在两个样本中表达量数值的大小判断差异表达是否显著。差异显著情况可通过矫正后的p-value来看,矫正后的p-value越小,差异越显著。同时也可结合log2Foldchange值来判断差异的大小情况,log2Foldchange越大,差异倍数越大。

回答于 2019-03-21 10:52

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我的榆树转录组为什么没有可变剪接分析内容?

你好,据我所知,榆树目前还没有可用的参考基因组,可变剪接分析需有参物种才能分析,所以无参物种中没有可变剪接分析内容。

回答于 2019-03-15 15:53

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基因家族分析后期QPCR验证需要验证多少基因?

这个需要看家族大小和实验目的,具体项目具体分析吧,一般十来个基因就可以了。

回答于 2019-03-12 20:07

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基因家族分析后期验证只用自己的转录组数据可以吗,不做荧光定量

转录组数据分析了表达模式,再用另一种方法验证是最好的了,成本不高,最好做。

回答于 2019-03-12 20:06

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原核生物与真核生物在进行转录组测序文库构建时有什么区别?

在原核生物中,mRNA只占全部RNA的1-5%,其余绝大部分是核糖体RNA(rRNA),因此若要测序mRNA,首先必须先将mRNA纯化出来,然而,原核生物并不像真核生物mRNA具有polyA的结构,因此,无法直接利用oligoT将mRNA纯化出来,如果拿total RNA进行测序,那么测序的效率一定会非常差,因为大部分的序列都来自rRNA。目前,提高原核生...

回答于 2019-03-08 15:45

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如何从种类繁多的GO和KEGG富集条目中找到自己关注的?

GO(Gene Ontology)是一个国际标准化的基因功能分类体系,具体分为分子功能(Molecular Function,MF)、生物过程(biological process, BP)、和细胞组成(cellular component, CC)三个ontology。根据实验处理条件,分别从三个层面挖掘显著富集的GO功能条目,比如研究叶片颜色,我们可以挖掘CC层面的叶绿体,类囊体膜成...

回答于 2019-03-08 15:43

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为什么编码同一个酶的基因,会出现有的上调有的下调?

主要原因有两个:1. 不同的基因具有相同的功能:不同的基因通过注释具有相同的功能,而不同的基因其差异情况并不一样;2. 许多酶是复合物:组成酶的复合物包含了一个家族的多个基因和不同的调控因子,它们之间的调控机制尚不清楚,反映在图上会有部分上调,部分下调。

回答于 2019-03-08 15:42

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如何检测植物中的植原体?

植物中植原体属,可以通过设计16srRNA特异引物直接在植物组织提取的dna中扩增测序鉴定。

回答于 2019-03-01 14:15