omicsgene
omicsgene - 生物信息
实名认证 专业认证

性别: 北京 - 北京市 注册于 2018-04-20

擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

生物信息

向TA求助
14482金币数
81870 经验值
447个粉丝
主页被访问 89221 次

4106 个回答

0 赞同

hmmer二次搜索结果空白,第一次结果有是什么情况?

自己建立的hmm模型有问题吧,你文件打开检查看看的;

回答于 2024-02-07 10:40

0 赞同

如何安装picard软件?

我们重测序镜像里面有安装的;

回答于 2024-02-07 10:39

0 赞同

微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分,进行代谢通路差异比较...

不支持三组之间比较,只支持两组之间比较; 如果要三组以上比较建议用lefse分析;

回答于 2024-02-07 10:37

0 赞同

使用Bwa mem命令时,使用-M和不适用时候,对后续数据分析有影响...

-M一般都是加上的: mark shorter split hits as secondary 兼容reads比对有剪切的情况;

回答于 2024-02-07 10:35

0 赞同

annovar注释snp和indel,在重点关注剪切区的信息时,发现并不遵...

我们这个是按照ANNOVAR软件官方推荐构建的库; 如果出现大量错误,应该是你的vcf用的基因组版本和ANNOVAR库基因组版本不匹配造成的,你检查你的数据核实一下; ANNOVAR前移动一位是正常现象,GFF基因组碱基索引是从1开始,ANNOVAR 基因组碱基索引是从0开始;

回答于 2024-02-02 16:26

0 赞同

请问我们测序结果已经经过了质控,所以只用fast那个压缩包里的数...

你说的是fastq那个文件吗?已经做过质控可以直接导入到qiime2 中

回答于 2024-02-02 10:51

0 赞同

Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异,Adonis检验P值小于0.05,怎...

Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异 这个肉眼看看的比较主观吧

回答于 2024-02-01 13:11

0 赞同

关于TajimaD计算问题

检查检查你群体里面的样本吧,样本遗传背景差异太大,不属于一个群体有可能导致这样的问题 或者群体数量太少,建议至少10个个体以上吧;

回答于 2024-01-30 12:03

0 赞同

如何对同一进化树分枝的叶节点进行上下位置的改变

进化树的枝可以旋转,你可以到iTOL网站调整自己的进化树结构; 如果还是不理想,建议你重新构建更好更符合自己预期的进化树:https://www.omicsclass.com/article/2010

回答于 2024-01-30 12:01

0 赞同

微生物16S测序策略和OTU/ASV分析策略

测序策略都一样,OTU和ASV只是数据分析方法不同;

回答于 2024-01-29 13:14