omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师请问这个比较基因组课程里串联法构建进化树，脚本里面的构树...

1.50次这个只是ML法的算法，随机50个树出来不断迭代找到最优树，和你构树次数没关系； 2.没有测试过哪个快，个人感觉并联法会快，最终快慢和你的基因数量有关；越多越慢

回答于 2024-01-23 16:13

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删除了一些离群值的样本，这是软件自动处理的，你也可以选择不用，使用另外的没有处理的文件；

回答于 2024-01-23 16:08

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GFF格式不标准吧；信息太少不好回答你的问题；不建议NCBI上的基因组分析，格式不标准很可能导致报错；

回答于 2024-01-22 11:04

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有文件路径写错了吧，你检查检查的；

回答于 2024-01-22 11:00

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做了evalue过滤数量不同正常的；

回答于 2024-01-22 10:59

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看上去不正常，你输入文件看看起始终止位置是不是写错了；

回答于 2024-01-22 10:59

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mega部支持fasts格式文件，你再检查一下输入fasta文件；

回答于 2024-01-22 10:58

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不知道你的电脑性能，你查看一下吧；线程设置多了，减少些；

回答于 2024-01-22 10:57

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速度和内存没关系，GATK本身比较慢，数据量大就会很慢，慢等吧，不至于一个月，几天吧

回答于 2024-01-22 10:55

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这个需要测试，检查输入文件是否有问题；

回答于 2024-01-19 15:15