omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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群体遗传SNP获取

zcat clean.vcf.gz|这个就是所有样本共有的SNP；不知道你说的共有概念是什么？

回答于 2024-02-26 18:11

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vbox已经放弃，你用docker吧：https://www.omicsclass.com/article/1198

回答于 2024-02-26 15:29

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这个文件路径变量没有设置对你检查一下：$GENE_LENGTH

回答于 2024-02-26 11:49

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注意分组文件里面多余的空格删除一下：

回答于 2024-02-26 10:11

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你的输入文件有问题吧，结构变异的文件格式可能有些格式问题；建议自己收到转换需要的格式；

回答于 2024-02-26 10:05

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你的输入文件有问题吧，使用的命令和shell文件里面的一样吗？

回答于 2024-02-26 10:03

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自己的样本都有哪些属性，自己用表格填写即可，比如性别，年龄，各种处理等等，自己的列名自己取名即可；你说的这个是别人的样本，tap是别人取的，你要结合自己的样本处理情况准备fastmap文件；

回答于 2024-02-26 10:00

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按照我们课程里面的代码，省事的做法建议把fq都cat一起，作为一个混合样本输入进行基因注释；不然，分别输入有些命令需要相应更改；课程参考：https://bdtcd.xetslk.com/s/2TnPfm

回答于 2024-02-26 09:57

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用的是我们的镜像吗？不是的话可能报错；进化树绘制，也可以使用一些在线网站绘制：这个进化树绘制不出来可以使用ITOL或者evolview展示：https://www.omicsclass.com/article/963 https://www.omicsclass.com/article/417

回答于 2024-02-26 09:53

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能正常建立索引即可，可能是版本更新导致，视频更新不及时；

回答于 2024-02-26 09:51