非模式物种建库进行GO和KEGG富集分析

老师,请问比如说我建了家蚕得KEGG和GO注释库之后,我的实验对象不是家蚕,而是鳞翅目其他得虫子,那样得话 我有一个基因列表,但是要怎么进行富集分析呢?就是想问一下怎么利用近缘物种进行富集分析?

请先 登录 后评论

2 个回答

shidandan

Rscript $scriptdir/eggNOG/kegg_enrich.r -l RODgenelist.txt -n Px.eggnog/kegg.pathway2name.tsv -g Px.eggnog/kegg.gene2pathway.tsv

--> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/

--> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index

Failed to create bus connection: No such file or directory

Error in read.table(opt$gene.list, row.names = 1, header = T, check.names = F) :

  duplicate 'row.names' are not allowed

Execution halted

老师,这个报错是什么原因阿?这个是用得咱们得服务器,在docker里跑的。
请先 登录 后评论
omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

近源物种没法做富集分析,建议构建自己物种的数据库再做富集分析,这里有分析方法:https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

请先 登录 后评论
  • 2 关注
  • 0 收藏,284 浏览
  • shidandan 提出于 2024-03-14 15:16

相似问题