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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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4106 个回答

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GWAS筛选阈值设置

可以看看这个:https://www.omicsclass.com/article/1365

回答于 2024-02-20 17:20

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用samtools call出单个样本的rawvcf文件,合并之后发现samtools...

samtools 结合 bcftools call SNP; 建议你用我嘛课程里面GATK流程吧,比较主流;

回答于 2024-02-20 14:41

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请问出现以下情况是什么错误呢

显示你的服务器账号的存储不够了,把多余的数据删除一些吧:disk exceed;容器没有启动成功; 共享服务器只做练习使用;分析自己的数据可以购买我们的服务器:https://study.omicsclass.com/index

回答于 2024-02-20 10:14

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群体结构分析

不知道你的pi是怎么算的,可能算的有问题吧; 检查群体里面的样本是不是搞错了; 你的推断是正确的;

回答于 2024-02-19 17:31

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将自己windows中D盘的数据映射到docker中的work目录时格式一直有...

你登录了服务器,服务器上是没有D盘的;你需要用filezilla 把D盘的数据上传到服务器才行; 服务器上用这条命令是对的:

回答于 2024-02-19 17:30

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老师,我有30个经过高氮、低氮处理的转录组数据,但是不清楚我的...

对的可以这么设置dummy变量:https://www.omicsclass.com/article/2390 但是你这个每一个分组样本只有三个,效果不一定好;

回答于 2024-02-19 10:05

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各位老师好,经过过滤低丰度和低共有的OTU表格还需要抽平吗?

过滤这一步是在抽平之前过滤

回答于 2024-02-19 09:51

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tassel报错,[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.Abs...

有正常的,说明命令没问题,你检查检查你的表型数据格式问题吧,和正常的对比对比看看有没有不一样的;

回答于 2024-02-19 09:50

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GWAS中gapit分析没有结果,命令行输入与屏幕输出如下

最后 killed 内存不够导致系统杀死任务,如果用的docker可以看看这里设置容器内存:https://www.omicsclass.com/article/1413

回答于 2024-02-19 09:48

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gwas分析群体画进化树

这个进化树绘制不出来可以使用ITOL或者evolview展示:https://www.omicsclass.com/article/963  https://www.omicsclass.com/article/417 

回答于 2024-02-12 19:52