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manifest已经是拼接好的如何设置？
拼接好的数据，可以作为单端输入，准备se-33-manifest： sample-id absolute-filepath sample-1 $PWD/some/filepath/sample1_R1.fastq sample-2 $PWD/some/filepath/sample2_R1.fastq 导入命令： qiimetoolsimport\ --type'SampleData[SequencesWithQuality]'\ --input-pathse-33-manifest\ --output-...
回答于 2024-02-26 09:49
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jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化
这里有课程你可以学习一下：https://bdtcd.xetslk.com/s/24yiRs 见局部共线性那一节
回答于 2024-02-26 09:42
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测序数据合并后只有一个fastq文件如何export为全局变量
一个文件用文件路径表示即可；linux基础不好建议学习：https://bdtcd.xetslk.com/s/17gwqZ
回答于 2024-02-26 09:38
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Path 'manifest.txt' does not exist.是合并后的数据，export sh...
设置完变量，可以用ll检查一下文件路径是否设置错误，如果错误及时更正； ll $workdir/manifest.ckd.txt
回答于 2024-02-26 09:36
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变异结果过滤
这个我不知道你的测序深度，还有物种基因组大小，还有你过滤的参数；不好评估SNP数量上的多少是否合理。 建议多尝试过滤参数，在质量和数量上取一个平衡；符合自己的预期即可；
回答于 2024-02-22 15:30
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老师，我前面问的那个nohup命令很快就结束，您让我用file查看gz...
看了你的问题，你看看视频里面输入的是gz压缩的文件吗？不是的话可以解压一下再输入，批量解压文件：gunzip *gz
回答于 2024-02-21 09:55