omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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请问在自己进行手动比对鉴定基因家族的时候最正确的做法是什么？

你的基因组注释的基因可能不好，这种的只能手动调整； blast比对也是比对蛋白序列，你比对基因组染色体是不对的

回答于 2024-03-28 12:53

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基因的序列你直接到参考基因组里面看GFF文件；找到对应ID到cds文件里面提取即可；

回答于 2024-03-28 12:50

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请在我们提供的docker镜像里面运行代码，不然自己配置环境会遇到问题；

回答于 2024-03-26 12:09

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可能是数据库的问题，SMART更新慢，建议换其他数据库试试

回答于 2024-03-26 09:26

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可以使用seqtk 或者seqkit工具：https://www.omicsclass.com/article/2190

回答于 2024-03-26 09:23

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输入的序列文件打开看看确认是不是蛋白序列

回答于 2024-03-25 13:25

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那你需要检查vcf文件格式问题了；

回答于 2024-03-25 10:27

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BSR不需要做生物学重复的；

回答于 2024-03-25 10:26

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输入的还有其他两个文件，你也检查一下看看的，基因ID和染色体ID对应情况；

回答于 2024-03-25 10:25

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看不到你的运行过程截图，建议你按照课程步骤从头再来一遍，建议学习一下linux基础：https://bdtcd.xetslk.com/s/17gwqZ

回答于 2024-03-25 10:20