omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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不同物种间的同源基因对Ka/Ks计算需要用哪些文件呢

需要不同物种的同源基因的cds序列文件；

回答于 2024-03-25 10:03

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blast 的nt需要库文件，你要下载库文件，不然需要自己建库才行。

回答于 2024-03-25 10:02

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也可以不用命名像这篇文章直接用基因的ID：文献：https://academic.oup.com/hr/article/doi/10.1093/hr/uhae033/7593780

回答于 2024-03-18 16:22

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模型是公用的，不分模式物种和同源物种

回答于 2024-03-18 12:54

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上面有一段倒转了，你检查检查是组装错误，还是真实的差异；

回答于 2024-03-15 14:03

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删除镜像，重新下载遗传进化镜像，这个最近更新了：https://www.omicsclass.com/article/2286

回答于 2024-03-15 14:01

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刚刚测试过没问题的：可能由于系统原因，建议更换电脑试试，或者使用我们的云服务器：https://study.omicsclass.com/index

回答于 2024-03-15 14:00

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看看文件里面的染色体编号是不是搞错了，Karyotype 参数对应这个文件里面的染色体编号和其他文件里面的核对一下；

回答于 2024-03-15 09:22

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config3.txt这个文件格式可能有问题，你打开看看看的检查检查

回答于 2024-03-14 17:52

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近源物种没法做富集分析，建议构建自己物种的数据库再做富集分析，这里有分析方法：https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

回答于 2024-03-14 17:50